Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας λειτουργήσανε τα λεγόμενα Σχολαρχεία (Ελληνικά Σχολεία) σε πολλές περιοχές και της Κρήτης. Στο Νομό Ρεθύμνου μεταξύ άλλων λειτούργησε και αυτό του Μοναστηρακίου Αμαρίου, στο οποίο φοιτήσανε αρκετά παιδιά από την επαρχία Αμαρίου. Ονομαστοί καθηγητές, νομικοί και ιερωμένοι της εποχής διδάξανε σ’ αυτό το Σχολαρχείο του Μοναστηρακίου, από το οποίο αναδειχτήκανε στη συνέχεια άξιοι δάσκαλοι, για την εκπαίδευση και μόρφωση των παιδιών. Οι πρώτοι δάσκαλοι που διδάσκανε στα Δημοτικά Σχολεία ήτανε απόφοιτοι του λεγόμενου Σχολαρχείου της εποχής εκείνης 3ετούς φοιτήσεως. Στην περίοδο των επαναστάσεων στην Κρήτη τα Σχολεία (Σχολαρχεία) διακόπτανε τη λειτουργία τους και οι διδάσκοντες, αφήνανε τη διδασκαλία και πιάνανε το τουφέκι. Το ίδιο προφανώς κάνανε και οι μετέπειτα δάσκαλοι των δημοτικών σχολείων σε όλες τις πολεμικές προκλήσεις Βαλκανικοί πόλεμοι, Μικρασιατική εκστρατεία, Γερμανική κατοχή.
Δεν έχομε λεπτομερή γραπτά στοιχεία για την εκπαίδευση των παιδιών του χωριού Αγίου Ιωάννη Αμαρίου κατά την Τουρκοκρατία. Από γραπτές πηγές προκύπτει ότι, το Δημοτικό Σχολείο στον Άγιο Ιωάννη ιδρύθηκε ως Γραμματοδιδασκαλείο το έτος 1899 (11/87/7-10-1899) και ως αδιαίρετο μικτό το έτος 1901 (188/76/11-10-1901). Ήτανε μονοτάξιο Σχολείο σε όλη τη διάρκεια της λειτουργίας του.
Από προφορικές μαρτυρίες προκύπτει ότι, μέχρι το έτος 1928 το Δημοτικό Σχολείο εστεγάζετο σε διάφορες ιδιωτικές κατοικίες του χωριού. Το πρώτο Δημοτικό Σχολείο χτίστηκε με μόχθο, επιμονή και προσωπική εργασία των κατοίκων και ολοκληρώθηκε το έτος 1928. Λειτούργησε ως το έτος 1968, οπότε και κατεδαφίστηκε και στη θέση του χτίστηκε καινούριο (δεύτερο) Δημοτικό Σχολείο. Λειτούργησε και αυτό ως το έτος 1986, που έπαυσε να λειτουργεί οριστικά, λόγω ελλείψεως μαθητών.
Σύμφωνα με τις ίδιες προφορικές μαρτυρίες, ο Ανδρέας Ιερών. Ζωϊδάκης (Ζωϊδαντρέας), που γεννήθηκε το έτος 1865 στον Άγιο Ιωάννη, διετέλεσε πρώτος και για πολλά χρόνια δάσκαλος του χωριού. Δεν είχε ιδιαίτερες σπουδές, αλλά απόφοιτος και μόνο του Σχολαρχείου και δίδασκε στο σπίτι του. Στη συνέχεια δίδαξε, ο Αλέξανδρος Ψαρουδάκης, με το παρατσούκλι «χόνδρος», που γεννήθηκε το έτος 1885 στο Αποδούλου. Κατόπιν δίδαξε ο Εμμανουήλ Φουρφουλάκης από το Άνω Μέρος, ο οποίος σύμφωνα με Διάταγμα της Ανωτέρας Επιτροπής Παιδείας, που δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα της Κυβερνήσεως εν Κρήτη το έτος 1911, απολύθηκε από το Δημοτικό Σχολείο Αγίου Ιωάννη, γιατί απέτυχε στις εξετάσεις. Αμέσως μετά ανέλαβε ο Μανούσος Μπικάκης από τη Νίθαυρη.
Ο Μανούσος Μπικάκης γεννήθηκε στις 16/5/1879 και έφυγε από τη ζωή στις 16/1/1961 σε ηλικία 82 ετών. Σε παράρτημα της Εφημερίδας της Κυβερνήσεως, εν Κρήτη, καταχωρείται διάταγμα διορισμού στον Άγιο Ιωάννη Αμαρίου του δασκάλου Μανούσου Μπικάκη, με μηνιαίο μισθό δρ. 60. Το διάταγμα διορισμού αναφέρει ημερομηνία : Εν Χανίοις 9/5/1912. Δυστυχώς από το έτος 1912 μέχρι το έτος 1933 δεν βρεθήκανε μαθητολόγια ή άλλα υπηρεσιακά έγγραφα.
Από τα Μαθητολόγια – Βαθμολόγια και άλλα υπηρεσιακά έγγραφα που βρεθήκανε κατά την έρευνά μου προκύπτει ότι, στο Δημοτικό Σχολείο Αγίου Ιωάννη, από το έτος 1933-34 έως το έτος 1942-43 υπηρέτησε συνεχώς ο δάσκαλος Μανούσος Μπικάκης. Θεωρείται όμως βέβαιο ότι, υπηρέτησε και ενωρίτερα, το πιθανότερο από το 1912 συνεχώς, έτος διορισμού του έως και το 1943, συνολικά δηλαδή επί 31 χρόνια. Έτσι λοιπόν φέρεται ως ο μακροβιότερος δάσκαλος του χωριού μας. Ενδεχομένως υπήρξανε και κενά διαστήματα, λόγω των πολέμων, όπως προαναφέρθηκε. Είναι επομένως φανερό ότι αρκετοί πρόγονοί μας υπήρξανε μαθητές του, στους οποίους μετέφερε τις γραμματικές του γνώσεις και όχι μόνο.
Ο αείμνηστος δάσκαλος Μανούσος Μπικάκης, εμπνεύστηκε και έγραψε μια θαυμάσια ιστορική ρίμα, κατά τη Γερμανοκατοχή, η οποία αναφέρεται στη θρυλική απαγωγή του Γερμανού Στρατηγού Φον Κράϊπε και στο πέρασμά του από τη Νίθαυρη.
Είναι γνωστό και θέλω να το επισημάνω ότι, όλοι οι Δάσκαλοι που υπηρετήσανε στο Δημοτικό Σχολείο του χωριού μας ήτανε εξαίρετοι και φωτισμένοι, στους οποίους όλοι οι Αϊγιαννιώτες οφείλομε απέραντη ευγνωμοσύνη. Τα ονόματά των αναφέρω λεπτομερώς στα εκδοθέντα βιβλία μου.
Υποχρέωσή μου να ευχαριστήσω για άλλη μια φορά, την αγαπητή εκλεχτή φίλη, καθηγήτρια φιλόλογο, ερευνήτρια τοπικής ιστορίας Άννα Μαρκουλιδάκη, για τις πολύτιμες πληροφορίες της.
Ιούλιος 31 του 2025 Σταύρος Φωτάκης
και Facebook 
